Если должностная инструкция является приложением к трудовому договору.
В этом случае она составляется в двух экземплярах - по экземпляру для каждой из сторон, подписывающих договор. Трудовой договор и должностная инструкция оформляются как единый документ: все листы нумеруются, прошиваются и скрепляются печатью и подписью должностного лица. Это поможет избежать разногласий по вопросу ознакомления работника с трудовым договором и приложением к нему.
Во избежание подробного перечисления всех обязанностей работника в тексте трудового договора можно сделать ссылку на должностную инструкцию. Для этого подойдет следующая формулировка: "работник обязан... (указать основную трудовую функцию), а также выполнять иные обязанности согласно должностной инструкции, являющейся приложением к настоящему трудовому договору и его неотъемлемой частью".
Если должностная инструкция представляет собой отдельный документ.
Она признается локальным нормативным актом организации и, таким образом, не является соглашением между работодателем и работником.
Учитывать мнение представительного органа работников (при его наличии в компании) при введении должностной инструкции или ее изменении нужно, только если это предусмотрено коллективным договором, соглашениями.
Если работник не подпишет инструкцию (а такой отказ после заключения трудового договора правомерен), то при неисполнении указанных в ней обязанностей, которые не поименованы в трудовом договоре, применить к нему взыскание нельзя. Ведь работник не обязан выполнять функции, не предусмотренные трудовым договором или соглашением к нему.

Статья: Должностная инструкция (Подготовлен для системы КонсультантПлюс, 2012) {КонсультантПлюс}