Ответ:
Действительно, в трудовом договоре с работником указание наименования структурного подразделения является факультативным, т.е. необязательным условием – см. ч. 4 ст. 57 Трудового кодекса РФ:
Извлечение из ч. 4 ст. 57 Трудового кодекса РФ
В трудовом договоре могут предусматриваться дополнительные условия, в частности:
об уточнении места работы (с указанием структурного подразделения и его местонахождения) и (или) о рабочем месте;

Если наименование структурного подразделения указывается в трудовом договоре, то, разумеется, далее оно отражается и в приказе о приеме на работу, и в трудовой книжке.
Если же структурного подразделение не является условием трудового договора, то оно не вносится и в трудовую книжку работника – см. см. абз.3 п. 3.1 Инструкции по заполнению трудовых книжек, утвержденной постановлением Министерства труда и социального развития России от 10.10.2003 № 69:
Извлечение из Инструкции по заполнению трудовых книжек
(утв. постановлением Минтрудсоцразвития России от 10.10.2003 № 69)
3.1. В графе 3 раздела "Сведения о работе" трудовой книжки в виде заголовка указывается полное наименование организации, а также сокращенное наименование организации (при его наличии).
Под этим заголовком в графе 1 ставится порядковый номер вносимой записи, в графе 2 указывается дата приема на работу.
В графе 3 делается запись о принятии или назначении в структурное подразделение организации с указанием его конкретного наименования (если условие о работе в конкретном структурном подразделении включено в трудовой договор…) наименования должности (работы), специальности, профессии с указанием квалификации
Однако вопрос о том, указывать ли структурное подразделение, не внесенное в трудовой договор, в приказе о приеме на работу, действительно является важным. Ведь если работник никаким документом не закреплен за структурным подразделением, то невозможно говорить ни о трудовой дисциплине (он нигде не должен находится, у него, по сути, нет конкретного рабочего места), ни о выполнении поручений руководителя (а кто является его руководителем?). Возникают и иные проблемы.
Дело обстоит следующим образом.
Работодатель вправе (и обязан!) создавать структуру организации, закрепляя ее штатным расписанием. Разумеется, работники принимаются на работу в рамках этой структуры. Однако новая (с 06.10.2010) редакция ст. 57 Трудового кодекса РФ освободила работодателя от обязанности согласовывать вопрос о конкретном структурном подразделении с работником. Следовательно, руководитель организации своей административной властью (т.е. приказом) вправе решить вопрос о закреплении работника за определенным подразделением. Таким образом, в приказе о приеме на работу, конечно же, структурное подразделение следует указывать.
В дальнейшем, в случае переименования подразделения, ни одно из условий трудового договора не изменяется, поэтому и нет нужды оформлять дополнительное соглашение к трудовому договору. Очень разумный и трезвый подход к делу.

Автор ответа: Журавлева Ирина Витальевна