Вопросы отпадут, когда ГИТ проведёт плановую проверку и вынесет предписание, обязывающее вести данный журнал. Затем инспектор проконтролирует исполнение предписания. С ГИТ, конечно, можно воевать, отстаивая своё право НЕ вести журнал.

Нормативного документа, который прямо обязывает организацию вести журнал регистрации приказов по личному составу, нет. Однако есть ряд документов, которые указывают на необходимость такого журнала при корректном ведении кадровой документации. Например, посмотрите "Перечень типовых документов, образующихся в деятельности госкомитетов, министерств, ведомств и других учреждений, организаций, предприятий, с указанием сроков хранения" (утв. Главархивом СССР 15 августа 1988г., ред. от 31 июля 2007г.). В разделе 6 Перечня ("Работа с кадрами"), под номером 508 значатся книги (журналы), картотеки учета приема, перемещения, увольнения работников, в том числе и временных сотрудников. Срок хранения журналов - 75 лет.

Если организация крупная, документооборот большой, а делопроизводство ведётся на уровне, то приказы, обычно, разносят по разным папкам и ведут соответственное количество журналов по их учёту. Если же организация небольшая, то смысла в разделении нет. Тогда и журнал можно вести один, для регистрации приказов по личному составу. Только обратите внимание на следующий момент. Срок хранения журналов регистрации приказов о приёме, переводах, увольнениях - 75 лет, а срок хранения журналов учёта отпусков - 3 года (см. тот же Перечень, п.544). Приказы, соответственно, хранятся столько же. Поэтому целесообразно разносить документы и по признаку длительности хранения, следовательно журнал учёта отпусков следует вести отдельно. Можно этого и не делать, если хотите 75 лет хранить документ, который можно хранить 3 года.

Законодательство обязывает работодателя в обязательном порядке вести ряд учётных книг.
Книгу учёта движения трудовых книжек и вкладышей к ним.
Приходно-расходную книгу по учету бланков трудовой книжки и вкладышей в нее.
Журнал учета работников, выбывших в командировку и журнал учета работников прибывающих в командировку в организацию.
Журнал учета мероприятий по контролю.
Журнал прохождения инструктажа по охране труда.
Все остальные регистрационные книги ведутся по усмотрению руководства. Корректный документооборот подразумевает ведение отдельного журнала по каждому виду издаваемых организацией документов.

Можете вести, можете не вести. Но возможны проверки. Инспектор не будет интересоваться журналом выдачи справок, зато может спросить о наличии журнала регистрации приказов по приёму-увольнению. А дальше - дело за Вами. Можно предъявить ему журнал,а можно доказать, что он не прав, поскольку требует необязательную учётную форму.